《聯合國海洋法公約》特別強調保護和保全海洋環境的重要性。《公約》第十二部分完全是有關海洋環境保護問題。在國際海底方面，《公約》第十一部分確定了國際海底管理局在這一區域內的職能，其中有19處提到環境。

管理局成立以來，一直將環境保護作為其主要優先事項之一。迄今管理局共舉辦的7次研討會中，4次是關于深海底環境問題。第1次研討會討論制定多金屬結核勘探的環境指南；第4次研討會有關環境數據與資料標準化問題；第5次研討會有關深海環境研究的國際合作；第7次研討會討論制定海底多金屬硫化物和富鈷結殼勘探的環境指南。

管理局處理的多金屬結核勘探方面的三個實際環境保護問題是：海底勘探活動可能造成何種程度的環境影響；使用哪些基線來測量人類活動前的環境狀況，以及應如何監測其后發生的變化；對有關的自然過程和人源（人類引起）過程進行何種研究。迄今為止，注意力主要放在勘探活動上，因為結核礦床的實際開采很可能要在幾十年之后。盡管如此，有關研討會也預測了采礦活動可能造成的影響，期望工程人員在設計采礦系統時會盡力查明和減少這些影響。

管理局通過制訂規章建立深海環境保護的法律體系，并正在通過研討會等方式積極推進深海底環境方面的國際合作研究。